De origen íbero y conocida como Isturgi bajo la denominación romana, fue evangelizada por San Eufrasio, su primer Obispo, que sufrió martirio en ella y actualmente es su patrón por voluntad del Papa Calixto II.
Entre los años 712 y 1224, bajo la influencia árabe, recibe el nombre de Andurájar y es fortificada por Muhammad I en el año 853, terminando la muralla los almohades en el siglo XII. También los judíos influyeron en el urbanismo de la Andújar medieval. De esta época quedan la traza urbanística del casco antiguo, algunos restos de muralla y el nombre de alguna de sus calles.
Conquistada a Al-Bayyasi en 1224 por Fernando III el Santo, fue perdiendo sus signos de identidad musulmana, configurándose una Andújar cristiana en torno a los templos de Santa Marina y Santa María, mezquitas convertidas en templos cristianos. A este rey se le deben el escudo, su jurisdicción territorial y el fuero que convirtió Andújar en uno de los grandes Consejos del Reino de Jaén.
En 1446, transcurridos los difíciles años del reinado de Juan II, Andújar sólo se benefició de la obtención de la dignidad de «CIUDAD» y en 1467 Enrique IV le otorgó el título de «MUY NOBLE Y MUY LEAL» por su apoyo y fidelidad en la guerra que lo enfrentaba con su hermano Alfonso, a la vez que le otorgaba la condición de ciudad realenga, sometida directamente al poder real.
Entre los siglos XVI y XVII, se produce una relativa prosperidad que la convierte en una de las ciudades más importantes de la provincia, y un notable crecimiento demográfico. La aristocracia local fija en ella sus suntuosas residencias, llegan distintas órdenes religiosas y se subvenciona la construcción de templos y conventos.
En 1808, Andújar fue testigo excepcional en la firma de las Capitulaciones de las tropas francesas tras la derrota de la batalla de Bailen, siendo el escenario el desaparecido Palacio de los Condes de Gracia Real. En 1835 es elegida como sede de las Juntas Revolucionarias Andaluzas.
A través de la historia, Andújar ha sido una ciudad que ha sabido aprovechar su privilegiada situación geográfica en beneficio de su vida social y económica, presentando en la actualidad grandes posibilidades para continuar su desarrollo industrial, comercial y turístico.