Las Banderas son insignias que representan los títulos y gracias de los que tanto la Hermandad como su Titular han gozado hasta el momento, simbolizando en sus colores, bordados y la forma de sus picas, estos nombramientos y privilegios. De número ilimitado, están confeccionadas sobre damascos y rasos de diversos colores y bordadas tanto en recortes de telas de sedas o raso, como en hilos de oro y sedas de distintos tonos, figurando siempre en el bordado la alegoría Mariana y la inscripción de la Cofradía. Sus medidas están entre los 4 y 4,50 metros de mástil, rematadas con picas de diferentes formas todas ellas en metal plateado y con corbatines formados por cintas de colores.
BANDERA MATRIZ
Es de estilo renacentista bordada en sedas con la técnica de repostero (recortes de telas) y detalles de bordado en oro sobre damasco granate y blanco por los colores del Pendón de San Fernando.
Está formada por cuatro bandas de damasco granate enmarcadas con galones de raso amarillo que albergan decoración renacentista bordada en sedas con gran diversidad de colores donde se sitúan cuatro óvalos y en sus centros aparecen San Eufrasio actual Patrón de Andújar, Santa Potenciana antigua Patrona. San Fernando conquistador de Andújar y San Miguel anterior Patrón de la ciudad y los escudos del Arzobispo de Granada, el primer escudo de la ciudad de Andújar, El escudo del Papa Gregorio IX, y el escudo de España.
En la parte delantera podemos observar el escudo de la Cofradía Matriz y si vemos el reverso podemos observar una Asunción de María, en alusión a la Basílica Santuario.
El remate de la bandera la “pica» es una cruz con una Inmaculada en su centro inspirada en la antigua Cruz Parroquial del Santuario, sede de la Cofradía. Diseñada por Pedro Palenciano.
BANDERA CONCEPCIONISTA
La bandera tiene una tela de damasco bordada en técnica de repostero al estilo de las insignias de nuestra romería, con los colores blanco y azul, colores totalmente Concepcionistas pero que en este caso también los podemos relacionar con la cerámica de Andújar. Es una insignia no muy cargada de bordado, por lo tanto, no muy pesada para su fácil tremolado, por lo que puede ser una bandera muy de abanderados.
El diseño consiste en unas esquinas de hojas de acento mezcladas con flores en azul y en el centro un gran anagrama mariano coronado donde aparece en su eje, rodeada de un resplandor bordado en oro, la figura en su color de la Imagen de la Virgen de la Inmaculada de Andújar del convento de las trinitarias a la que la Ciudad le ofreció el voto desde 1680.
Esta bandera marca el carácter mariano de nuestra Hdad. Matriz y la defensa del Dogma Concepcionista y aporta significado a nuestra banderas para que en un futuro todas nuestras insignias tengan un simbolismo mariano o relacionado con la Hdad. Dicha bandera fue donada por el grupo joven en 2019 y bendecida en la Basílica Santuario en la Aparición de ese mismo año.
Diseño de Pedro Palenciano.
BANDERA HINOJO
Esta bandera es de damasco rojo y donde podemos observar una maría coronada con las coronas de la recoronación de la Santísima Virgen de la Cabeza.
Dicha bandera fue donada por la familia Hinojo –Fernández durante el mandato de esta siendo Jose Antonio Hinojo, Hermano Mayor de la Real e Ilustre Cofradía Matriz de la Santísima Virgen de la Cabeza.
BANDERA ROSA DE ORO
Esta bandera conmemora la entrega de la Rosa de Oro a La Virgen de la Cabeza por su Santidad el Papa en el Año Jubilar de 2009. Bendecida en agosto de 2012.
Paño bordado con los colores Vaticanos, una cenefa de rosas entrelazadas y en el centro, la Rosa de Oro con orla decorativa con el símbolo del Vaticano y el escudo del Papa Benedicto XVI.
Bordada en la técnica de repostero y diseñada y realizada por Pedro Palenciano Olivares.
Los corbatines de dicha bandera fueron los primeros en ser bordados.
BANDERA APARICIÓN
Bandera que representa la aparición de la Virgen de la Cabeza, realizada en damasco verde y rocallas doradas. Dicha Bandera fue boradada con motivo de 785 Aniversario de la Aparición de la Stma. Virgen de la Cabeza al pastor de Colomera
Donada por la familia Amad de Torres, diseñada por Pedro Palenciano y bordada por Andrea.
BANDERA DE ANDALUCÍA
Esta bandera representa a la medalla de Andalucía concedida por la Junta de Andalucía a la cofradía Matriz.
Bandera realizada en el año 2001, con motivo de la entrega de la medalla de Andalucia a la Cofradía Matriz. La misma ha sido bordada y donada por Andrea Cañuelo con diseño de Pedro Palenciano. De tela verde adamascada con bordados de rocallas en blanco. En el centro reproducción de la medalla de Andalucía y donde el remate de la misma también es la medalla de Andalucía.
Cabe destacar que la Cofradía Matriz es la única Cofradía que tiene esta distinción.